Rozległy obszar wzdłuż Wisły i kolei
Zachodnią część Wawra wyznaczają tereny położone przy Wale Miedzeszyńskim, Zerzeniu i osiedlu Las. W głębi dzielnicy znajdują się Anin, Międzylesie, Radość, Miedzeszyn, Falenica oraz rejony dochodzące do wschodniej granicy Warszawy.
Wał Miedzeszyński, Płowiecka, Trakt Lubelski, Patriotów i południowa obwodnica Warszawy rozdzielają ruch pomiędzy północną częścią dzielnicy, południowymi osiedlami oraz sąsiednimi obszarami miasta.
Linia kolejowa przebiegająca przez Anin, Międzylesie, Radość, Miedzeszyn i Falenicę prowadzi w stronę Pragi-Południe oraz Śródmieścia. Drogi lokalne łączą Wawer także z Rembertowem, Wesołą i Wilanowem.
Duża powierzchnia i pasmowy układ zabudowy sprawiają, że poszczególne części Wawra funkcjonują w różnych kierunkach. Północ jest silniej związana z Pragą-Południe, środkowe rejony z Rembertowem, a południe z linią kolejową oraz trasami prowadzącymi poza Warszawę.
Północny kierunek Pragi
Płowiecka i Grochowska prowadzą z północnej części Wawra do Pragi-Południe. Kolejne połączenia umożliwiają przejazd do Pragi-Północ, Targówka oraz centralnych rejonów Warszawy.
Kolej przez linię otwocką
Stacje rozmieszczone wzdłuż wschodniej części dzielnicy łączą Falenicę, Miedzeszyn, Radość, Międzylesie i Anin z centrum. Linia kolejowa porządkuje lokalny układ wielu wawerskich osiedli.
Wisła i południowa obwodnica
Wał Miedzeszyński biegnie w stronę Pragi-Południe i południowej granicy miasta. Most Południowy oraz trasa S2 zapewniają przejazd do Wilanowa i dalszych dzielnic lewego brzegu.
Najbliższe dzielnice Wawra
Bezpośrednie relacje obejmują prawobrzeżne obszary położone na północ i wschód oraz Wilanów znajdujący się po drugiej stronie Wisły. Łączą je kolej, główne ulice i południowa obwodnica.
Centrum, zachód i północ Warszawy
Dalsze przejazdy prowadzą przez Pragę, mosty, obwodnicę oraz centralny układ komunikacyjny miasta. Pozwalają dotrzeć z Wawra do dzielnic lewego brzegu i północnych obszarów stolicy.
Wawer w południowo-wschodniej Warszawie
Wawer nie tworzy jednego zwartego centrum dzielnicowego. Jego układ opiera się na szeregu osiedli rozmieszczonych wzdłuż kolei, głównych ulic i terenów leśnych, z których każde pozostaje związane z innym fragmentem miejskiej sieci.
Połączenia z Pragą-Południe, Rembertowem, Wesołą i Wilanowem wyznaczają najbliższy układ sąsiedzki, a kolej oraz obwodnica włączają dzielnicę w relacje obejmujące całą Warszawę.